สีประจำมหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยทักษิณมีสีประจำมหาวิทยาลัยเป็นสีเทา (รหัสสี C48 M40 Y37 K3) และสีฟ้า (รหัสสี C81 M36 Y1 K0) โดยสีเทาซึ่งเป็นสีของสมอง สะท้อนถึงความคิด สีฟ้าซึ่งเป็นสีของทะเลและท้องฟ้า สะท้อนถึงความกว้างไกล สีเทา-ฟ้า จึงหมายถึง ความคิดที่กว้างไกล หรือคิดอย่างมีวิสัยทัศน์
ธงมหาวิทยาลัย มีลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง ๖ ส่วน ยาว ๙ ส่วน ใช้สีประจำมหาวิทยาลัย คือสีเทาและสีฟ้าเป็นสีหลักในธง โดยแบ่งพื้นที่บนผืนธงเป็นแถบ ๓ แถบ แถบบนและแถบล่างเป็นสีฟ้า แถบกลางเป็นสีเทา ความกว้างของแถบสีเทาเป็นสองเท่าของแถบสีฟ้า บนผืนธงมีตรามหาวิทยาลัยสีทองอยู่ตรงกึ่งกลาง และด้านล่างตรามหาวิทยาลัยมีอักษรสีทองชื่อมหาวิทยาลัยทักษิณภาษาไทย หรือ ภาษาอังกฤษ กำกับ